No século XX, a humanidade soube da existência do Godzilla e, após diversas derrotas, fez um plano para sair da terra e habitar outro planeta. Porém, os cálculos estavam errados e após uma viagem de 20 anos, os humanos perceberam que o planeta escolhido não tinha condições para a vida. O protagonista da trama é Haruo, que viu seus pais serem mortos pelo Godzilla quando tinha 4 anos e agora só quer voltar para a Terra e derrotar o animal. Ao voltarem, no entanto, já se passaram 20.000 anos na Terra, que agora tem seu ecossistema controlado pelo Godzilla.
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