Durante uma escavação, funcionários de uma mineradora acham um simbolo estranho entre as rochas. Um selo magico que guarda ali, uma grande criatura que há muitos anos aterrorizou a terra, chamada Desghidorah. A quebra do selo liberta o monstro que mais uma vez, causa destruição e pânico. É chegada a hora de mais uma vez, Mothra, surgir para defender o planeta. Mas, Mothra se encontra em estado crítico, pois ela está muito velha e gastou energia para gerar um ovo. Tem inicio uma batalha entre gigantes monstros, onde o resultado decidirá o futuro do planeta.
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